Η ιστορία της σχολής της Ύδρας είναι μεγάλη και άρηκτα δεμένη με την ίδια τη σύγχρονη ελληνική ναυτιλία.Η Σχολή εμποροπλοιάρχων αποτελεί σήμερα ένα ζωντανό ναυτικό μνημείο και μια χειροπιαστή έκφραση της ναυτικής μας παράδοσης και συνέχειας. Από το 1930 η σχολή στεγάζεται στο σημερινό κτίριο που ανήκε στους Υδραίους Καραβοκύρηδες Αναστάσιο Τσαμαδό και Αθανάσιο Κουλούρα και έχει παραχωρηθεί στο Δημόσιο αποκλειστικά για την λειτουργία της Σχολής. Το κτίριο αυτό κτίστηκε κατά την χρονική περίοδο 1780-1810. Από την σχολή της Ύδρας έχουν αποφοιτήσει μέχρι σήμερα περίπου 2.900 πλοίαρχοι.