Ο ναός είναι χτισμένος κατά την περίοδο της πρώτης Ενετοκρατίας, στο Ναύπλιο αλλά μετά από τον βομβαρδισμό της πόλης από τους Ενετούς το 1686 και κατά την πρώτη τουρκοκρατία της πόλης, ο ναός έπαθε μεγάλες ζημιές. Έτσι, το 1702 ο ναός κτίσθηκε πάλι από την αρχή, με έξοδα της αδελφότητας των ορθοδόξων Ελλήνων του Ναυπλίου. Έξω από την είσοδο του Aγίου Σπυρίδωνα εκτυλίχθηκε μία από τις πιο μελανές σελίδες της νεότερης ελληνικής Ιστορίας. Εκεί, στις 27 Σεπτεμβρίου του 1831 πέφτει νεκρός από τα βόλια των Μαυρομιχαλέων ο πρώτος κυβερνήτης της ελεύθερης Ελλάδος, Ιωάννης Καποδίστριας την ώρα που πήγαινε να εκκλησιαστεί στο ναό του Aγίου Σπυρίδωνα, όπως συνήθιζε να κάνει κάθε Κυριακή. Στην είσοδο του ναού, του είχαν στήσει καρτέρι οι δολοφόνοι του, που αφού τον χαιρέτισαν, του επιτέθηκαν. Ο μεν Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης με πιστόλι, ο δε Γεώργιος Μαυρομιχάλης με μαχαίρι. O θάνατος του Κυβερνήτη υπήρξε ακαριαίος. O Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης καταδιώχθηκε και θανατώθηκε από το μανιασμένο πλήθος, ενώ ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης εκτελέστηκε λίγες ημέρες αργότερα.H συγκίνηση για τη δολοφονία του Κυβερνήτη ήταν μεγάλη. Η κηδεία του τελέστηκε με μεγαλοπρέπεια στο ναό του Αγίου Γεωργίου. Τα σπλάχνα του Κυβερνήτη τοποθετήθηκαν εντός πολυτελούς θήκης κάτω από το Ιερό Βήμα του ναού. Στην είσοδό της εκκλησίας σε μία γυάλινη προθήκη, υποδεικνύετα το μέρος όπου σφηνώθηκε η μοιραία σφαίρα.
