Η Κυδωνία ήταν πιθανότατα η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της Mινωικής Κρήτης, μετά την Κνωσό και τη Φαιστό. Ανέπτυξε ακμαία βιοτεχνία και πλούτισε μέσα από το θαλάσσιο εμπόριο, το οποίο ευνοούσε η θέση της. Μάλιστα, οι αρχαίοι συγγραφείς αναφέρουν την Κυδωνία ως τη μητέρα των Κρητικών Πόλεων. του Μίνωα και της νύμφης Ακακκαλίδας Τα περισσότερα ίχνη έχουν εντοπιστεί πάνω στο λόφο Καστέλι, πάνω από το παλιό Ενετικό λιμάνι των Χανίων.Εκεί έχουν εντοπιστεί και πλάκες Γραμμικής Α’ και Γραμμικής Β’. Τα υπόλοιπα ίχνη, όπως και το ανάκτορο της Κυδωνίας, βρίσκονται κάτω από τη σύγχρονη πόλη των Χανίων και δεν έχουν ανασκαφεί
