Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και φιλοξενεί ευρήματα από την νεολιθική εποχή, την Μινωική εποχή και μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους και δημιουργήθηκε με σκοπό να εκθέτει ευρήματα από την ανατολική Κρήτη που μέχρι τότε μεταφέρονταν στο Μουσείο Ηρακλείου.. Αποτελείται από οκτώ εκθεσιακούς χώρους και μεταξύ των πιο γνωστών εκθεμάτων της είναι η θεά της Μύρτου, ένα δοχείο για σπονδές με μορφή γυναίκας που ανακαλύφθηκε στον οικισμό της Εποχής του Χαλκού στο Φούρνο, κοντά στη Μύρτο. Το μουσείο επίσης περιέχει σημαντικά δείγματα της Δαιδαλικής Περιόδου που χρονολογούνται στον 7ο αιώνα π.Χ., κυρίως το κεφάλι ενός πήλινου αγάλματος γυναίκας που βρίσκεται κοντά στη Σητεία καθώς και το κρανίο νεαρού αθλητή με χρυσό στεφάνι, από το ρωμαϊκό (1ος αιώνας μ.Χ.) νεκροταφείο της πόλης Λατώ και το Ρυτό (τελετουργικό αγγείο), από το ανάκτορο των Μαλίων.
