Ο αρχαιολογικός χώρος της Αγοράς και του Λιμανιού της Κω αποκαλύπτει δύο πολύ σημαντικές περιοχές της αρχαίας πόλης, το διοικητικό και εμπορικό της κέντρο και τις λιμενικές εγκαταστάσεις της. Η Αρχαία Αγορά της πόλης βρέθηκε εντός των τειχών της σε ανασκαφή της Ιταλικής Αρχαιολογικής Σχολής μετά το σεισμό του 1933.. Η κατασκευή της, που χρονολογείται στα τέλη του 4ου αι. π.Χ., εκτείνεται σε μήκος στα 300 περίπου μέτρα, με το κτίριο να αναπτύσσεται από το κέντρο με την εσωτερική αυλή, σε στοές στη βόρεια πλευρά, που εφάπτονταν με τα τείχη, στη δυτική και στην ανατολική του πλευρά που κατά πάσα πιθανότητα υπήρχαν εμπορικά καταστήματα. Το νότιο άκρο της αγοράς που ανασκάφτηκε από την Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία μετά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, αποκάλυψε το ρυμοτομικό σύστημα της αρχαίας πόλης με δρόμους πλάτους από 4 έως 6 μέτρα που ορίζουν τέσσερις οικοδομικές νησίδες με σπίτια και καταστήματα. Τα απομεινάρια της αγοράς που είναι ορατά ακόμη και σήμερα ανήκουν χρονικά στην τελευταία περίοδο της πόλης, τη ρωμαϊκή, και σηματοδοτούν τμήματα σπιτιών από διάφορες χρονικά οικοδομικές φάσεις. Έξω από τον οχυρωματικό περίβολο της πόλης βρίσκονταν ο αρχαίος λιμένας, προστατευμένος με δικό του ξεχωριστό τείχος που ξεκινούσε από το τείχος της πόλης και κατευθύνονταν νότια περιλαμβάνοντας τους ναούς και τα καταστήματα της συνοικίας του λιμανιού. Στην περιοχή αυτή αποκαλύφθηκαν το «Ιερό του Λιμένος», ένα διπλό ιερό του 2ου αι. π.Χ., αφιερωμένο στην Αφροδίτη, που μετά την καταστροφή του το 469 μ.Χ., χρησιμοποιήθηκε ως οικοδομικό υλικό για το κτίριο των Θερμών και την παλαιοχριστιανική βασιλική που χτίστηκε στη θέση του, το «Τέμενος του Ηρακλέους», οικοδομημένο σε τεχνητό ανάχωμα και η «Στοά του λιμένος», κατασκευασμένη στα τέλη του 4ου αιώνα π.Χ. και στις αρχές του 3ουαι. π.χ.
