Το κτίριο που στεγάζει το Μουσείο αναστηλώθηκε με την εποπτεία του Υπουργείου Πολιτισμού και από τον Αύγουστο του 1998 άρχισε να λειτουργεί με έκθεση αντιγράφων έργων του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου.Η παράδοση αναφέρει ότι σε αυτό το σπίτι γεννήθηκε ο μεγάλος ζωγράφος Δομήνικος Θεοτοκόπουλος (El Greco) 1541 - 1614. Αναφέρει ότι γεννήθηκε 25 χλμ. βορειοδυτικά έξω από τον Χάνδακα Ηράκλειο), δίπλα σε ένα βυζαντινό ναό. Η περιοχή αυτή ονομάζεται Θεοτοκιανά και είναι από τους πρώτους οικισμούς του Φόδελε.Η αναστήλωση ξεκίνησε το 1982 και διήρκεσε πέντε χρόνια.Το οίκημα βρέθηκε με σοβαρές φθορές από το χρόνο και αναστηλώθηκε ακριβώς όπως ήταν ο αρχικός του σχεδιασμός. Στο εσωτερικό του υπάρχει φωτογραφικό υλικό από τον ερχομό των καθηγητών του Πανεπιστημίου Βαλιαδολίδ της Ισπανίας στις 27 Ιουλίου 1934, όπου θέλησαν να αποδώσουν φόρο τιμής στο μεγάλο μας ζωγράφο Δομήνικο Θεοτοκόπουλο και στη γενέτειρά του το Φόδελε.Επιπλέον υπάρχει φωτογραφικό υλικό και πληροφορίες από τα αποκαλυπτήρια της προτομής του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου, στο Φόδελε το 1964. Ακόμη θα δείτε πληροφορίες σχετικά με τους απογόνους του Θεοτοκόπουλου, αναπαράσταση της αίθουσας ζωγραφικής (atelier) και 24 έργα του σε μορφή slides
