Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζεται προσωρινά στη βασιλική του Αγίου Φραγκίσκου στην παλιά πόλη του Ρεθύμνου. Από το 1991 μέχρι το 2015 στεγαζόταν στο φρούριο Φορτέτζα, σε ένα πενταγωνικό κτίριο-οχυρό που κατασκευάστηκε από τους Οθωμανούς για να προστατεύσουν την είσοδο του κάστρου κι αργότερα χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή.Τα εκθέματα του προέρχονται από διάφορες ανασκαφές στο νομό και αντιπροσωπεύουν όλες τις περιόδους,από τη νεολιθική εποχή έως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας. Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι η λάρνακα με απεικόνιση σκηνής κυνηγιού, το ειδώλιο μινωικής θεάς, το μαρμάρινο άγαλμα της Αφροδίτης, το βιολόσχημο μαρμάρινο ειδώλιο από το σπήλαιο Γερανίου,,ένα πήλινο ημίκλειστο αγγείο με πόδι και πώμα, κεφαλή πήλινου γυναικείου ειδωλίου και άλλα πολλά αξιόλογα ευρήματα
