Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σάμου βρίσκεται στο Βαθύ, και στεγάζεται σε δύο κτίρια.Στο παλαιό Μουσείο το οποίο πρόκειται για το “Πασχάλειο αρχαιοφυλάκειον”.Τον Αύγουστο του 1906 ο επιχειρηματίας Αλέξανδρος Πασχάλης με αποκλειστικά δική του δαπάνη ανέλαβε την ίδρυση κτιρίου για τη στέγαση Αρχαιολογικού Μουσείου, Βιβλιοθήκης και Αρχειοφυλακείου στη Σάμο. Ο θεμέλιος λίθος τοποθετήθηκε με εντυπωσιακή τελετή 1909 και το 1913 το κτίριο ήταν έτοιμο.Και στο νέο Μουσείο.Το νέο Μουσείο εγκαινιάστηκε το 1987 και κτίστηκε με δαπάνη του μορφωτικού ιδρύματος της Volkswagen.Στο μουσείο εκτίθενται περίπου 3.000 ευρήματα από την Αρχαία πόλη της Σάμου και της ευρήτερης περιοχής και μαρτυρούν την μακραίωνη ιστορία του νησιού.Τα σημαντικότερα εκθέματα του μουσείου είναι ο 5,5 μέτρων κούρος, ιωνικού ρυθμού (6ος αι. π.Χ), ένα γυναικείο μαρμάρινο άγαλμα, ένα ανάθημα στην Ήρα (570-560 π.Χ), ένα μαρμάρινο επιτύμβιο που απεικονίζει έναν γυμνό νεαρό να κρατά μια πυξίδα στο αριστερό του χέρι και απλώνει το δεξί σε μια καθιστή ντυμένη μορφή με σκήπτρο (5ος αι. π.Χ), μια ξύλινη γυναικεία μορφή 17 εκατοστών (7ος αι. π.Χ) , θησαυρός 300 βυζαντινών νομισμάτων του 7ου αι. μ.Χ. από τη Μεγάλη Λάκα που βρέθηκε και παραδόθηκε από την Ολλανδή αρχαιολόγο Saskia de Melker το 1984 και το ,μαρμάρινο άγαλμα του Ρωμαίου αυτοκράτορα Τραϊανού, υπερφυσικού μεγέθους (ύψος 2.71 μ.). .
