Είναι Δωρικού ρυθμού και είναι κτισμένος από τοπικό πωρόλιθο. Βρίσκεται σε πολύ καλή κατάσταση, αφού σώζονται 24 από τις 34 κολώνες του ναού.Στο αρχαιολογικό μουσείο της Αφαίας παρουσιάζονται κυρίως εκθέματα και αναπαραστάσεις του παλιού ναού που κτίσθηκε το 575 π.χ. και κάηκε για να κατασκευασθεί στη θέση του ο ναός που σώζεται σήμερα.Έχει κτιστεί το 480 π.Χ. μετά τη ναυμαχία της Σαλαμίνας. Περισσότερες πληροφορίες για την Αφαία μας δίνει ο Παυσανίας από κάποιες παραδόσεις της Κρήτης. Σύμφωνα με αυτές, από το Δία και την Κάρμη γεννήθηκε η Βριτόμαρτις που αγαπούσε πολύ το κυνήγι και γι' αυτό τη συμπάθησε ιδιαίτερα η θεά Άρτεμις. Την ερωτεύτηκε όμως ο Μίνωας και για να γλιτώσει από αυτόν έπεσε στη θάλασσα και μπλέχτηκε στα δίχτυα κάποιον ψαράδων που την πήραν μαζί τους στο καράβι.Εκεί την ερωτεύτηκε ένας από τους ναύτες και έτσι η Βριτόμαρτις αναγκάστηκε και πάλι να πέσει στη θάλασσα για να γλιτώσει και κολυμπώντας βγήκε στο νησί από όπου περνούσε το καράβι αυτό, την Αίγινα. Η κοπέλα πήρε αμέσως το δρόμο προς το δάσος του νησιού και σιγά σιγά οι ναύτες από το πλοίο την έβλεπαν να χάνεται σαν με κάποια θεϊκή επέμβαση, και γι' αυτό την ονόμασαν Αφαία δηλ.άφαντη
