Το Αρχαιολογικό μουσείο της Καρπάθου βρίσκεται στην πρωτεύουσα της Καρπάθου, στα Πηγάδια και άρχισε την λειτουργία του το 2005.Στεγάζεται στο Επαρχείο Καρπάθου σε κτίριο που χρονολογείται από την εποχή της Ιταλοκρατίας.Τα ευρήματα είναι κατανεμημένα σε 3 αίθουσες και ταξινομημένα σε χρονικές και ιστορικές περιόδους. Η Α΄αίθουσα περιλαμβάνει ευρήματα νεολιθικής εποχής (λεπίδες οψιανού, όστρακα ), ευρήματα από μινωική αγροικία, ευρήματα από πρόσφατη ανασκαφή στο μινωικό -μυκηναϊκό οικισμό των Πηγαδίων και ταφικό σύνολο από τη νεκρόπολη του οικισμού. Με αφορμή τα εκθέματα γίνονται γνωστές στον επισκέπτη η αγροτική οικονομία και ζωή, οι εμπορικές και πολιτισμικές επαφές, η βιοτεχνική δραστηριότητα, η καθημερινή ζωή και τα έθιμα και οι δοξασίες.Στην Β΄αίθουσα έχουμε γεωγραφική κατανομή από τις τρεις πόλεις του νησιού.Τα εκθέματα κυρίως αγγεία ελληνιστικών χρόνων, τμήματα γεωμετρικών αγγείων και ταφικό σύνολο κλασικών χρόνων από το Απέρι, λίγα γλυπτά από το Πηγάδια, θα συνοδεύουν κείμενα που θα αναφέρονται στην ιστορία του νησιού καθώς και σε σημαντικές ιστορικές επιγραφές της Καρπάθου.Στην Γ΄αίθουσα έχουμε ευρήματα και αναφορές απο την Βυζαντινή Κάρπαθο και στοιχεία από την πειρατεία και την τοπογραφία του νησιού.
