Η μεγάλη φήμη της Πάτμου είναι άρρηκτα δεμένη με το Σπήλαιο της Αποκάλυψης.Η ιστορία της ξεκινάει το 95 μ.χ . όταν το 14ο έτος της βασιλείας του Ρωμαίου Αυτοκράτορα Δομητιανού, ο Ευαγγελιστής Ιωάννης εξορίζεται από την Έφεσο στην Πάτμο διότι κήρυττε το Χριστό. Μόλις πήγε στην Πάτμο βρήκε τυχαία το σπήλαιο και πήγαινε καθημερινά εκεί και προσευχόταν ώσπου μια μέρα έγινε η αποκάλυψη.Ήταν Κυριακή και εκεί που προσευχόταν άκουσε τη φωνή του θεού που του είπε : Eγώ είμαι το Α και το Ω η αρχή και το τέλος ότι ακούσεις γράψτο σε βιβλίο και εκείνη την ώρα ο βράχος σχίστηκε και ράγισε σε τρείς ρωγμές συμβολίζοντας την Αγία Τριάδα Πατήρ Υιός και Άγιο πνεύμα . Υπαγόρευε ο Ιωάννης και έγραφε ο μαθητής του ο διάκονος Πρόχορος γιατί στην Πάτμο πήγε με τον μαθητή του.Είναι σημαντικό να τονίσουμε ότι ο Ιωάννης στα ελληνικά άκουσε τη φωνή του θεού και στα ελληνικά γράφτηκε το κείμενο της Αποκαλύψεως. Ακόμα και στις μεταφράσεις που υπάρχουν γράφεται καθαρά το Α και το Ω που είπε ο θεός στον Ιωάννη. Το πρώτο και το τελευταίο γράμμα της ελληνικής αλφαβήτου με την ελληνική γλώσσα εκφράστηκαν τα βαθύτερα νοηματα της ορθοδόξου θεολογίας.
Ο Όσιος Χριστόδουλος το 1088 μετέτερψε το σπήλαιο σε λατρευτικό χώρο.Μέσα στο σπήλαιο ο επισκέπτης μπορεί να δει το σημείο όπου υπάρχει ο βράχος με τη ρωγμή που σχηματίζεται σε σχήμα σταυρού συμβολίζοντας την Αγία Τριάδα Πατήρ Υιός και Άγιο πνεύμα σε εκείνο το σημείο ακούστηκε η φωνή του θεού και σχίστηκε ο βράχος στα τρία.Όλα αυτά τα χρόνια το σπήλαιο έχει υποστεί πολλές παρεμβάσεις.Το μοναστήρι αποτελείται από την Εκκλησία της Αγίας Άννας,τον Άγιο Νικόλαο και τον ΄Αγιο Αρτέμιο.Το μοναστήρι από το 1999 συγκαταλέγεται στα Μνημεία Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO
