Αυτή η εκκλησία ανήκει στην ομάδα των 14 ενοριακών εκκλησιών που χτίστηκαν μετά την ανάκτηση της Κόρδοβα. Αυτές οι εκκλησίες ονομάζονται Fernandinas, και πολλές ήταν ανακαινίσεις παλαιών τζαμιών. Τα περισσότερα από τα Fernandinas κατασκευάστηκαν με αναμορφωμένα υλικά, κάτι που εξηγεί γιατί έχουν κολώνες Ρωμαϊκής και Μαυριτανικής.
Η Εκκλησία του Σαν Μιγκέλ διαθέτει στοιχεία Romanesque, καθώς και λεπτομέρειες της εποχής του Χαλιφάτου και του Mudéjar. Τα ξεχωριστά αρχιτεκτονικά στιλ φαίνονται στο παρεκκλήσι του βαπτίσματος και στην πλαϊνή πόρτα της επιστολής. Μερικές από τις καμάρες ενσωματώνουν εβραϊκούς χαρακτήρες.
