Το Βυζαντινό Μουσείο Κομοτηνής στεγάζεται στο κτήριο του ευεργέτη της πόλης ,Νικολάου Ζ.. Παπανικολάου ,συστάθηκε το 1988 και εγκαινιάστηκε στις 3 Μαρτίου 1991.Τα σπάνια εκθέματά του είναι κυρίως αντικείμενα πρώτων μεταβυζαντινών χρόνων, χειρόγραφα σε παπύρους ή περγαμηνές και κεραμικά. Στον πρώτο όροφο βρίσκεται το αμφιθέατρο, 320 θέσεων, με επικλινείς βαθμίδες σε σχήμα πετάλου. Στον δεύτερο όροφο, με εμβαδόν 886 τ.μ., στεγάζεται το μουσείο με σπάνια εκθέματα, όπως χειρόγραφα σε πάπυρο ή περγαμηνή, κεραμικά, καθώς και εκθέματα πρώτων μεταβυζαντινών χρόνων, μέσα σε μια εντυπωσιακή διάταξη 120 μεγάλων γυάλινων προθηκών .Αξίζει να αναφερθεί πως στο ημιυπόγειο του μουσείου λειτουργεί αίθουσα καλλιτεχνικών εκθέσεων, ενώ υπάρχουν και χώροι για την μελλοντική εγκατάσταση βιβλιοθήκης, αναγνωστηρίου και εργαστηριών αγιογραφίας και ξυλογλυπτικής.
