Ιδρυτής του μουσείου είναι ο Αντώνης Μυλωνάς ο οποίος έδωσε το όνομα του σε αυτό. Περιλαμβάνει υδατογραφίες που φανερώνουν όλη την εξέλιξη της ναυτιλίας στη χώρα μας, ενώ περιέχει και μια μεγάλη ποικιλία από βυζαντινά πλοία από την αρχή της βυζαντινής ιστορίας μέχρι και την καταστροφή της, το 1453 από τους Τούρκους.
