Έναν πραγματικό θησαυρό, άγνωστο στους περισσότερους Ρεθεμνιώτες, κρύβει το Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου που λειτουργεί ως παράρτημα του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Γουλανδρή, το οποίο και είχε την ιδέα της ανάδειξης του χώρου στον οποίο στεγάζεται, δηλαδή στο Τέμενος του Μασταμπά, αλλά και τη δημιουργία του Μουσείου που ξεκίνησε τη λειτουργία του το 2009, ενώ στις προθήκες του βρίσκονται παλαιοντολογικά ευρήματα που ανήκουν στη συλλογή του Δήμου Ρεθύμνου.Στην έκθεση του Μουσείου παρουσιάζονται απολιθώματα ασπόνδυλων, προερχόμενα από τις υποθαλάσσιες περιοχές του Ρεθύμνου και της Κρήτης, τα οποία χρονολογούνται από την Παλαιοζωική, την Μεσοζωική και την Καινοζωική περίοδο. Επιπλέον, πολύ σημαντικό είναι και το υλικό των οστών ενδημικών ελεφάντων και των πολύμορφων ελαφιών της Κρήτης, καθώς και των απολιθωμένων ενδημικών νάνων ιπποπόταμων.
