Το Μουσείο βρίσκεται στην ιστορική πλατεία του Αγίου Μάρκου. Στο ισόγειο του κτιρίου στεγάζεται το Μαυσωλείο, το οποίο από τις 17 Ιανουαρίου 1968, φιλοξενεί τα οστά τoυ εθνικού ποιητή της Ελλάδας, Διονυσίου Σολωμού και του Ανδρέα Κάλβου και της συζύγου του. Ο όροφος του κτιρίου περιλαμβάνει τις αίθουσες Διονυσίου Σολωμού, Διονυσίου Ρώμα, Νικολάου και Θάλειας Κολυβά και την Πτέρυγα Επιφανών Ζακυνθίων, με την Αίθουσα Ιδρύματος Παναγιώτη και Έφης Μιχελή, η οποία συνεχίζεται και στο νέο τμήμα του ισογείου. Ανάμεσα στους δύο ορόφους, ανοίγεται η μικρή αίθουσα με τα έργα της Αμαλίας Νταγιάντα, ενώ στο δεύτερο όροφο λειτουργεί η αίθουσα Σταύρου Σ. Νιάρχου, με τη Βιβλιοθήκη και το Τμήμα Τεκμηρίωσης.
